Pour réparer une boulette, je suis tombé là-dessus pour manipuler les migrations en console rails et c'est bien pensé :

http://stackoverflow.com/questions/19100303/schema-migrations-table

En résumé on définit un model pour mapper la table schema_migrations (vous pouvez taper ceci tel quel en console) : 

class SchemaMigration < ActiveRecord::Base; self.primary_key = :version; end

On a ensuite accès à l'api ActiveRecord. Du coup j'ai corrigé ma bêtise comme ça : 

SchemaMigration.where(version: '20161020124307').first.update_attribute(:version, '20161026065007')